2K Games baut in Bioshock Infinite eine neue Spielart ein: Den 1999-Modus, der die Spieler auf vielen Ebenen fordern wird, die alle besondere Hingabe und Können verlangen. Der 1999-Modus ist für Spieler gedacht, die sich nach den Zeiten sehnen, in der Videospiele den
Spielern noch mehr abverlangten. Er enthält Änderungen und Features, die Bioshock-Fans bei einem normalen Spieldurchlauf nicht zu Gesicht bekommen werden, unabhängig vom gewählten Schwierigkeitsgrad.
Ken Levine, Creative Director bei Irrational Games, erklärt: "Wir wollen unseren älteren und hartgesotteneren Fans die Möglichkeit bieten, zu den Wurzeln zurückzukehren. Im 1999-Modus müssen die Spieler mit den dauerhaften Folgen ihrer Entscheidungen im Spiel leben. Sie müssen sich für Spezialisierungen entscheiden und sich auf sie konzentrieren." Zusätzlich zu diesen dauerhaften Entscheidungen fordert der 1999-Modus ein geschicktes Waffen-, Kraft- und Gesundheitsmanagement. Das Spiel bezieht auch einen deutlich härteren Standpunkt in Bezug auf den Wiedereinstieg des Spielers und schickt ihn direkt zu einem "Game Over"-Bildschirm, wenn er oder sie nicht über ausreichende Ressourcen verfügt, um wieder zum Leben erweckt zu werden.