Goodbye Deponia markiert den Abschluss der Adventure-Trilogie mit dem tolpatischen Helden Rufus, der eigentlich nur vom Müllplaneten Deponia entkommen will. Das wurde dann aber schnell komplizierter als gedacht und nun muss er das Stückchen Schrott auch noch retten.
Nach zwei großen Abenteuern sind er und Goal aber endlich auf dem besten Weg ihre Ziele zu erreichen: einen Weg nach Elysium zu finden und Deponia vor der Vernichtung zu bewahren. Doch es bleibt chaotisch und so erwartet ihn anstelle des großen Triumphs ein herber Rückschlag, der ihn zum ersten Mal an sich selbst zweifeln lässt. Und um alle Problem zu lösen, müsste er sich schon dreiteilen...