Mass Effect: Andromeda wird das Ende aus Mass Effect 3 nicht berücksichtigen. Das haben Aaryn Flynn und Mac Walters von Bioware bestätigt. "Wir wollen eine neue Story - und es wäre sehr schwierig, das umzusetzen, wenn man die Ereignisse der Trilogie dazu kennen müsste", erläuterte Flynn. Komplett ausgeklammert werden die Ereignisse aber nicht, sie bleiben "im Kanon des Universums intakt, erlauben aber den Beginn einer neuen Story". Diese Elemente seien für Fans aber als spürbarer Hintergrund weiter vorhanden.